El espíritu pedagógico de Química Orgánica: Estructura y Reactividad es el de educar a los estudiantes en la reflexión personal sobre la química orgánica. Lejos de la memorización de una lista de reacciones, el único medio para aprender realmente química orgánica consiste en el desarrollo de una actitud activa que permita la comprensión práctica de las causas que originan los cambios químicos. Todas las ediciones de este libro han hecho especial hincapié en los temas más importantes, volviendo una y otra vez sobre los conceptos fundamentales. De esta manera se consigue que los estudiantes piensen como verdaderos químicos a la hora de predecir la reactividad de una estructura y que, como ellos mismos confiesan, asimilen una nueva forma de analizar los problemas, los datos experimentales, de razonar por analogía y, en definitiva, de pensar, que cambia su disposición frente al estudio.

Como en las dos ediciones anteriores, esta tercera edición de Química Orgánica: Estructura y Reactividad pretende inculcar rápidamente a los estudiantes la idea de que la estructura de un compuesto determina su reactividad y, con este propósito, se ha mantenido la organización de la segunda edición. La mayor parte de los conceptos fundamentales se presentan en los seis capítulos iniciales. Los aspectos relacionados con la estructura y la reactividad que introducen las nociones básicas sobre estructura y enlace se abordan en los dos primeros capítulos. Así, los estudiantes se familiarizan rápidamente con los conceptos de conectividad e isomería, la relación entre estructura y propiedades físicas, las características más relevantes de los grupos funcionales y la descripción orbitálica del enlace. El Capítulo 3, el primero dedicado a la reactividad, aprovecha el carácter ácido o básico de los compuestos orgánicos para centrar la atención en las reacciones de protonación y desprotonación. 

La resolución de los problemas de acidez y basicidad permite que los estudiantes desarrollen su capacidad para predecir la reactividad de un compuesto tal y como lo hacen los químicos: analizando su estructura y aplicando conceptos fundamentales (radios atómicos e iónicos, estabilización por resonancia, valores de pKa, por ejemplo). En este capítulo también se introducen las ideas básicas sobre las relaciones energéticas, la estabilidad relativa de las especies, los equilibrios, la entalpía, la entropía, la energía libre y los mecanismos de las reacciones orgánicas y su representación. Por otra parte, los estudiantes entran en contacto con reacciones que constituyen la piedra angular de numerosas transformaciones que se describen más adelante. 

El Capítulo 4 está dedicado al análisis de los conceptos de nucleofilia y electrofilia utilizando los conceptos, el lenguaje y el simbolismo descritos en el Capítulo 3. Las reacciones del clorometano con el ion hidróxido y del bromuro de hidrógeno con el propeno sirven como ejemplos para presentar conceptos cinéticos, ideas sobre caminos e intermedios de reacción y el problema de la regioselectividad. El Capítulo 5 trata de la nomenclatura y análisis conformacional de los alcanos y cicloalcanos. La estereoisomería se trata en el Capítulo 6. De esta manera, al final de estos seis primeros capítulos los estudiantes deben haber asimilado los conceptos imprescindibles para entender la química que se describe en el resto del libro. Por último, cabe señalar que la existencia de numerosas referencias cruzadas confiere al texto una gran flexibilidad cuando se plantea la posibilidad de alterar el orden de los temas. Hay quienes, por ejemplo, explican la sustitución electrófila aromática (Capítulo 19) a continuación del Capítulo 6.